Agilent Technologies E5500 Series Guide de l'utilisateur Page 4
- Page / 87
- Table des matières
- DEPANNAGE
- MARQUE LIVRES
Noté. / 5. Basé sur avis des utilisateurs
4
Fragment Library Preparation Using the AB Library Builder
™
System: 5500 Series SOLiD
™
Systems User Guide
Contents
APPENDIX A Ordering Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Required Applied Biosystems reagent kits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Required Applied Biosystems reagent kits for automated
liquid-handling systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
Required equipment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Optional equipment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Replacement parts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
Required consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
Optional consumables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
APPENDIX B Supplemental Procedures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Load and unload Covaris
®
microTUBE vials from the Covaris
®
microTUBE holder . . . . . . 47
AB Library Builder
™
System operation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
(Optional) Size-select and pool libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Quantitate the DNA with the NanoDrop
®
ND-1000 Spectrophotometer . . . . . . . . . . . . . . . . 55
APPENDIX C Supplemental Background Information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Why prepare fragment libraries? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Preparing fragment libraries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Sequence orientation from source DNA to sequence map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
APPENDIX D Library Construction Oligonucleotide Sequences . . . . . . . . . . . . . 63
PCR Primer and adaptor sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
Barcoded adaptor sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
APPENDIX E Checklist and workflow tracking form . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Workflow checklists: prepare a standard or express fragment library with the
AB Library Builder
™
System Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
Workflow tracking: prepare a standard or express fragment library with the
AB Library Builder
™
System Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
APPENDIX F Safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
General chemical safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
SDSs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Chemical waste safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Biological hazard safety . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
Documentation and Support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Related documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Obtaining support . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
- AB Library Builder 1
- Contents 3
- About This Guide 7
- About the Products 9
- How to use the 10
- Kit contents 11
- System: 5500 Series SOLiD 12
- Systems User Guide 12
- Chapter1 About the Products 12
- Workflow 13
- Procedural guidelines 13
- Shear the DNA 14
- Quantitate the DNA 14
- 5. Remove the sheared DNA: 16
- Set up the AB Library Builder 17
- System for size-selected or 17
- Insert or change 18
- Load the racks and 19
- Load the cartridge rack 20
- Insert the racks 23
- Insert the tip and tube rack 25
- Build the library 27
- Set up for a new run 28
- Optional Amplification 29
- Purify the nick 30
- Prepare the 31
- Troubleshooting 35
- Chapter5 Troubleshooting 36
- Instrument error codes 38
- Ordering Information 39
- Required equipment 42
- Optional equipment 44
- Replacement parts 44
- Required consumables 45
- Optional consumables 46
- Supplemental Procedures 47
- System operation 48
- Manage the run 50
- Size-select the 51
- 250-bp marker 54
- Collection wells 54
- Sample wells 54
- ND-1000 55
- Spectrophotometer 55
- 2. Open the NanoDrop 56
- Supplemental Background 59
- Information 59
- Genomic DNA Sheared DNA 60
- Library molecule ligated 60
- Sequencers User 62
- Guide (Part no. 4456991) 62
- Library Construction 63
- Oligonucleotide Sequences 63
- System Kit 73
- Safety 77
- Chemical waste safety 78
- Chemical waste 79
- Waste disposal 79
- Biological hazard safety 80
- Documentation and Support 81
- Glossary 83
- P1-T Adaptor 84
- Standard Adaptor 84
- 4460965A 87
- Headquarters 87
Produits connexes et manuels pour Machine de réduction du bruit Agilent Technologies E5500 Series
(232 pages)© 2020, manymanuals.fr. Tous droits réservés | 0.048 s |
Manymanuals.com
Manymanuals.de
Manymanuals.fr
Manymanuals.it
Manymanuals.pl
Manymanuals.cz
Manymanuals.es
Manymanuals-pt.com
Commentaires sur ces manuels